สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาพะเยา เป็นหน่วยงานทางการศึกษาที่อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาชั้นพื้นฐาน มีภารกิจบทบาทและอำนาจหน้าที่ ตามที่กฎหมายกำหนด ดังนี้

          ๑. มาตรา ๓๗ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการพ.ศ. ๒๕๔๖ และที่แก้ไขเพิ่มเติม กำหนดให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการศึกษา ตามที่กำหนดไว้ในกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการหรือกฎหมายอื่น และมีอำนาจหน้าที่ดังนี้
(๑) อำนาจหน้าที่ในการบริหารและการจัดการศึกษา และพัฒนาสาระของหลักสูตรการศึกษาให้สอดคล้องกับหลักสูตรแกนกลางการศึกษาชั้นพื้นฐานของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
(๒) อำนาจหน้าที่ในการพัฒนางานด้านวิชาการและจัดให้มีระบบประกันคุณภาพภายในสถานศึกษาร่วมกับสถานศึกษา
(๓) รับผิดชอบในการพิจารณาแบ่งส่วนราชการภายในสถานศึกษาของสถานศึกษา และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา
(๔) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่กฎหมายกำหนด

          ๒. ข้อ ๕ แห่งประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา พ.ศ. ๒๕๖๐ และที่แก้ไขเพิ่มเติม กำหนดให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามีอำนาจหน้าที่ดำเนินการให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ และมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(๑) จัดทำนโยบาย แผนพัฒนา และมาตรฐานการศึกษาของเขตพื้นที่การศึกษาให้สอดคล้องกับนโยบาย มาตรฐานการศึกษา แผนการศึกษา แผนพัฒนาการศึกษาขั้นพื้นฐาน และความต้องการของท้องถิ่น
(๒) วิเคราะห์การจัดตั้งงบประมาณเงินอุดหนุนทั่วไปของสถานศึกษา และหน่วยงานในเขตพื้นที่การศึกษา และแจ้งการจัดสรรงบประมาณที่ได้รับให้หน่วยงานข้างต้นรับทราบรวมทั้งกำกับตรวจสอบติดตามการใช้จ่ายงบประมาณของหน่วยงานดังกล่าว
(๓) ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาหลักสูตรร่วมกับสถานศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
(๔) กำกับ ดูแล ติดตาม และประเมินผลสถานศึกษาขั้นพื้นฐานและในเขตพื้นที่การศึกษา
(๕) ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และรวบรวมข้อมูลสารสนเทศด้านการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
(๖) ประสานการระดมทรัพยากรด้านต่าง ๆ รวมทั้งทรัพยากรบุคคล เพื่อส่งเสริม สนับสนุนการจัดและพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
(๗) จัดระบบประกันคุณภาพการศึกษา และประเมินผลสถานศึกษา ในเขตพื้นที่การศึกษา
(๘) ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน การจัดการศึกษาของสถานศึกษาเอกชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น รวมทั้งบุคคล องค์กรชุมชน องค์กรวิชาชีพ สถาบันศาสนา สถานประกอบการ และสถาบันอื่นที่จัดการศึกษารูปแบบที่หลากหลายในเขตพื้นที่การศึกษา
(๙) ดำเนินการและประสาน ส่งเสริม สนับสนุนการวิจัยและพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
(๑๐) ประสาน ส่งเสริม การดำเนินการของคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการและคณะทำงานด้านการศึกษา
(๑๑) ประสานการปฏิบัติราชการทั่วไปกับองค์กรหรือหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐ เอกชนและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
(๑๒) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย

          ๓. ข้อ ๖ แห่งประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา พ.ศ. ๒๕๖o และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๖๑ ให้แบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ไว้ดังต่อไปนี้
(๑) กลุ่มอำนวยการ
(๒) กลุ่มนโยบายและแผน
(๓) กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
(๔) กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์
(๕) กลุ่มบริหารงานบุคคล
(๖) กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา
(๗) กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการจัดการศึกษา
(๘) กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา
(๙) หน่วยตรวจสอบภายใน
(๑๐) กลุ่มกฎหมายและคดี